Jika pada mode asyncrhronous masing-masing peripheral memiliki sumber clock sendiri, maka pada mode syncrhronous hanya ada satu sumber clock yang digunakan secara bersama-sama. Perbedaannya hanyalah terletak pada sumber clock saja. Pada ATmega, secara umum pengaturan mode syncrhronous maupun asyncrhronous adalah sama.
